Plutôt que de (re)faire ce qui a déjà été fait de très nombreuses fois (Ulrich/Yumi, retour de Xana quelques mois après l'épisode 95 pour faire face à nos héros habituels, etc...), part donc sur quelque chose de nouveau.
Par exemple, plusieurs années après l'épisode 95 (genre une décennie voire un peu plus), de jeunes adolescents découvrent à leur tour l'usine, le supercalculateur, et le virus qui va avec (xana qui réapparait ou un autre, au choix). Ils essayent de lutter, mais commencent à se résigner. Mais l'un deux, en trifouillant dans les dossiers du supercalculateur, découvre les identités de ceux qui les ont précédés sur Lyoko (tadam, nos héros bien connus). Il en parle à ses potes qui luttent avec lui sur Lyoko, retrouve Jérémie, Aelita, Ulrich, Yumi, Odd et sa femme (invente un personnage ou prend le personnage de Sam), et les convainc de les aider.
Ce n'est qu'une suggestion. Fais comme tu le sens.